Secara keseluruhan, Taman Laut Nasional Bunaken meliputi area seluas 75.265 hektar dan terdiri dari lima pulau, yakni Pulau Manado Tua, Pulau Bunaken, Pulau Siladen, Pulau Mantehage berikut beberapa anak pulaunya, dan Pulau Naen. Kelima pulau tersebut memiliki jumlah populasi lebih dari 21.000 jiwa.

Kawasan Bunaken secara geografis masuk dalam perairan “Segi Tiga Emas” dimana kawasan ini menjadi habitat lebih dari 3.000 spesies ikan. Perairan ”Segi Tiga Emas” yang dimaksud ialah perairan yang menghubungkan laut Papua, Filipina, dan Indonesia. Lantaran kekayaan yang terkandung di dalamnya, pemerintah dan organisasi non pemerintah (nasional maupun internasional) bekerja sama untuk menjalankan program konservasi terumbu karang dan mangrove di kawasan Bunaken. Program konservasi terumbu karang ini bertujuan untuk menjaga ribuan jenis ikan laut dari kepunahan.

Melihat potensi alam dan juga aktivitas konservasi ekologi laut di kawasan ini, maka pemerintah setempat—kota Manado—menggagas kawasan Bunaken sebagai objek wisata bahari dan pendidikan. Aspek keindahan alam di laut dan edukasi menjadi menu utama berwisata di Taman Laut Nasional Bunaken. Oleh karenanya, kawasan Bunaken diresmikan sebagai taman laut nasional oleh Menteri Kelautan pada tahun 1991.